表の構造と文字コードは別問題
カンマ区切りが正しくても、バイトをどの文字として読むかは別です。UTF-8を別の文字セットとして読むと文字が意味のない記号になることがあります。
UTF-8でも結果が違う理由
BOMの有無やOSの既定文字セットを使って推測するプログラムがあります。同じCSVでもブラウザ、エディタ、表計算ソフトで結果が異なることがあります。
文字化けした原本を上書きしない
文字化けした状態で保存すると元のバイト情報まで変わり、復旧が難しくなることがあります。コピーで文字コードを変えて試しましょう。
受け渡し先の環境を考える
WebではUTF-8が一般的ですが、業務ソフトが別の文字コードを要求する場合があります。取り込み仕様があるならその仕様を優先します。